APIと通常利用でアカウントを分ける必要はありますか？

特に分ける必要はありません。

ただ同じアカウントにする場合、そのユーザーアカウントのマイフレーズとマイ用語、また選択したカンパニーフレーズ、カンパニー用語が反映されます。

よって、ユーザーアカウントの定期的なデータの整理は必要になってくるかもしれません。